R

R终端输出

1 message()函数 2 改变输出字体颜色和格式 3 一些常用的特殊字符 1 message()函数 可以使用message()函数进行终端屏幕输出.

ggraph画网络图

1 安装 2 构建所需要的数据 2.1 构建edges数据 2.2 然后构建node的数据 2.3 构建ggraph所需的数据 3 画图 3.1 基础绘图 3.2 添加文字 3.3 使用不同的lay

SAM test用于差异标志物的选择

参考文献1,2. 示例代码: # Function to compute the smooth threshold curve smooth.threshold=function(x,ta,s0,df){ xp=x[x>(ta*s0)]; xn=x[x<(-ta*s0)]; dp=xp/ta-s0; dn=xn/(-ta)-s0; dp=s0/dp; dp=ta*(1+dp); dn=s0/dn; dn=ta*(1+dn); fp=pt(dp,df=df); fn=pt(dn,df=df); yp=-log10(2*(1-fp)); yn=-log10(2*(1-fn)); return(cbind(c(xn,xp),c(yn,yp))); } # Get data library(cp4p); data(LFQRatio2); tabl=LFQRatio2; ## Warning: package 'cp4p' was built under R version 3.6.1 ## Loading required package: MESS ## Warning: package 'MESS' was built under R version 3.6.1 ## Loading required

blogdown创建post模板文件夹

blogdown好像并没有自动创建post模板文件夹的函数,要达到的目的是,自动在content/en/post中创建文件夹,然后文件夹中有

ggplot2做蝴蝶图

使用ggplot2画蝴蝶图. library(tidyverse) ## Warning: package 'tidyverse' was built under R version 3.6.1 ## -- Attaching packages ------------------------------------------------------------------------ tidyverse 1.2.1 -- ## v ggplot2 3.2.1 v purrr 0.3.2 ## v tibble 2.1.3 v dplyr 0.8.3 ## v tidyr 1.0.0 v stringr 1.4.0 ## v readr 1.3.1 v forcats 0.4.0 ## Warning: package 'ggplot2' was built under R version

KEGG数据库总结

1 KEGG Pathway数据库 1.1 背景 1.2 KGML的overview 1.3 如何获得某个pathwayKGML文件 1.4 Pathway 1.4.1 Pathway element 1.5 Entry(条目) 1.5.1 Entry element 1.6 Relation 1.6.1

R读取和输出数据

1 CSV文件 1.1 读取 1.1.1 readr包 1 CSV文件 1.1 读取 1.1.1 readr包 readr包中有几个函数可以读取csv文件.其中第一个就是read_csv(

使用rayshader包将ggplot2转换为3D图像

1 安装 2 使用 rayshader包可以将ggplot2图片转换为3D. 参考原作者帖子: https://www.tylermw.com/3d-ggplots-with-rayshader/ 1 安装 devtools::install_github("tylermorganwall/rayshader") 2 使用 library(rayshader) library(ggplot2) library(tidyverse) gg <- ggplot(diamonds, aes(x, depth)) + stat_density_2d(aes(fill = stat(nlevel)), geom = "polygon", n = 100,bins = 10,contour

tibble cookbook

1 创建一个tibble 1.1 tibble()函数 1.2 as_tibble()函数 1.3 tribble()函数 1.4 enframe()函数 2 tibble显示控

日期时间操作总结

1 日期格式转换 1.1 比如美国这边常见的月/日/年. 1.2 国内常见常见的年/月/日 1.3 常见日期各个元素的写法及相应format的写法 1.3.1 年 1.3.2 月 1.3.3 日 1.3.4 时间 R