今天早上就来了办公室.看了一篇文章.
发表在Nature medincine.
A maternal serum metabolite ratio predicts fetal growth restriction at term
作者使用代谢组学发现可以使用母亲血液中的metabolite来预测胎儿的fetal growth restriction (FCR).FCR是指一个未出生的婴儿在某个时间(gestational age)的预期体重低于某个范围,一般是指胎儿体重小于所有同GA时期的所有胎儿体重的10%分位数.
作者一共选取了175个case在出生的时候是FGR,然后有299个controls.最后作者找到了四个metabolites,分别是(1-(1-enyl-stearoyl)- 2-oleoyl-GPC (P-18:0/18:1) and 1,5-anhydroglucitol) to the product of the relative concentrations of two negatively asso- ciated metabolites (5α-androstan-3α,17α-diol disulfate and N1,N12-diacetylspermine) predicted FGR at term.
最后是在两个单独的cohort上进行验证.
作者研究的是term FGR,定义为出生时体重低于3%分位或体重处3%和10%分位之间,但是featal abdominal growth velocity(胎儿腹围生长速度)低于10%分位.
metabolimics数据是untargeted,首先进行log转换.
1 Method
1.1 Study design
discovery dataset来自于POP cohort.在12,20,29和36 GA进行血液样品采集.
FGR at term定义:
在37 week或者之后出生,体重低于3%分位或者体重处于3%和10%分位之间,但是胎儿在20和36周之间的腹围生长速率(ACGVD1)小于10%分位.
外部验证数据集:
1.2 Metabolomics数据采集
对于POP发现样品,每个人的12,20,28和36周的样品采集了数据.而对于验证数据集,对于每个人只采集了一个样品,处于24-28周之间.
1.3 Statistical analysis
数据首先进行log转换.对于logistic regression,还需要进行scale.
#如何对出生体重进行校正
将参与者按照gestation age分成不同组,保证每组大于50人.分别是24-28,29-31,32-33和42-44.34-41则每周一个组,所以一共有12个组.
对于每个组(比如第i组),分别计算男性胎儿(m[i])和女性胎儿(f[i])的体重平均值.然后计算得到男性胎儿和女性胎儿的体重平均值的差值.
d[i] = m[i] - f[i]
然后分别对每组的胎儿体重进行校正:
m*[i] = m[i] - d[i]/2
f*[i] = f[i] + d[i]/2
可以看到其实就是将性别带来的误差对所有胎儿进行校正.
